De fredete bygningene på Bryggen står ikke på fast grunn, men på kulturlag som siger. Dette fører til at bygningene også siger og får setningsskader – de flytter på seg og faller til ro i nye, ikke tiltenkte, stillinger. Setningsskadene gjør at bygningene blir skjeve og bærekonstruksjonene feil belastet. I verste fall kan dette føre til bruddskader i trekonstruksjonene. Setningsskadene kommer også som følge av at bygningsmaterialene er gamle og råtner. Trefundamentene for bygningene er spesielt utsatt for nedbryting. Slike fundamenter består tradisjonelt av krysslagt furu, lagt direkte på grunnen. I overgangen mellom kulturlag og bygninger er tilstanden dårligst. Tilstanden er også kritisk i dråpefallet – området mellom bygningene som var for å ta imot regnvannet og føre det ned i veitene som ledet vannet vekk. I dag er ikke dreneringen tilfredstillende og fører til råteproblemer i de smale dråpefallene. Det er altså en svært kompleks utfordring vi står overfor når bygningene skal istandsettes.

Setningsskader har også vært påført bygninger tidligere. Etter eksplosjonen i 1944 ble takene på Bryggengårdene revet vekk og byggene påført betydelige setningsskader.

Bryggen mangler tak etter ekspolsjonen i 1944. Ukjent fotograt, foto tilhører Stiftelsen Bryggen.