I 1440-årene fikk Kontoret sin første sekretær. Sekretæren førte Kontorets protokoller og ordnet med brev og regnskaper. Men først og fremst var han sekretær for oldermennene og Kontorets domstol. I alt var det minst 40 sekretærer ved Kontoret fra 1448 til 1761.

Enkelte sekretærer gjorde seg særlig bemerket i Bergen. Minst tre av dem døde i stillingen og to ble oppsagt. Johan Carbiner, sekretær 1731 – 1741, trivdes så godt at han tok borgerskap i Bergen. Johan Brun, 1693 – 1701, tålte ikke klimaet og reiste hjem. Caspar Heigenius 1628 – 1634 hadde rykte som en frittalende mann og sa rett ut at det ølet som ble importert fra Lübeck var et stinkende kjeltringøl. Da er det kanskje ikke rart at han kom på kant med oldermennene.

I gjennomsnitt var sekretærene i stillingen i åtte år. Men noen var betydelig lenger. Christian Wilhelm Hoeltich kom til Bergen like før den store bybrannen i 1702, og det var han som berget det kontorske arkivet fra flammene. Til sammen var han sekretær i 16 år. Flere andre var i inntil 20 år. Lengst tid hadde Bernhard Elfers, som tok til i 1672 og forlot Kontoret i 1693.

GAE.