Stiftelsen Bryggen ble etablert samtidig med Foreningen Bryggens Venner i 1962 for å utføre det daglige vernet av Bryggen. Stiftelsens formål er å bevare, i samsvar med kulturminneloven, den bevarte del av Bryggen. Stiftelsen sitter i samarbeidgruppen for Bryggen.

Stiftelsen eier 35 av de 63 bygningene som inngår i Verdensarvstedet Bryggen og er med dette den største eieren. Den har eget arkitektkontor og forvalter et stort arkiv over bevaringsarbeidet fra 1962 til i dag. Stiftelsen har også tilsatte håndverkere som vedlikeholder og istandsetter bygningene.

Flere av de fredete bygningene leies ut til næringsvirksomhet og rommer blant annet restauranter, atelier og forretningslokaler. Tilsammen leier omlag 80 bedrifter lokaler fra Stiftelsen og inntektene blir brukt i bevaringsarbeidet på Bryggen. I tillegg driver Stiftelsen forskning, brannsikring og drifter offentlige toaletter og fellesområder på Bryggen.

Stiftelsen er samtidig en aktiv formidler av kulturminnet Bryggen. De driver et on-site besøkssenter hvor de sammen med Bryggens Venner gir informasjon om Bryggens historie og om det pågående bevaringsarbeidet. Stiftelsen drifter også det lille motstandsmuseet, Thetamuseet.