Hordaland Fylkeskommune forvalter de statlige tilskuddene til istandsettelse og sikring av bygningene på Bryggen og stiller en spesialrådgiver til disposisjon som programansvarlig. Fylkeskommunen er i tillegg del av Operativ Styringsgruppe og samarbeidsgruppen for Prosjekt Bryggen.

Hordaland fylkeskommune er regional forvaltningsstyresmakt med myndighet etter Kulturminneloven. På Bryggen omfatter denne myndigheten så godt som hele bygningsmassen. Fylkeskommunen har også forvaltningsansvar etter Plan- og bygningsloven.

Hordaland fylkeskommune jobber for å sikre kunnskapsoverføring av gamle håndverkstradisjoner i regionen, hvor kompetansemiljøene på Bryggen er en selvsagt del.