Bymuseet i Bergen er del av samarbeidsgruppen til Prosjekt Bryggen og har et ansvar for å formidle Prosjekt Bryggens arbeider. Bryggens Museum er en del av Bymuseet og en middelalderarkeologisk arena bygget som en direkte følge etter store arkeologiske utgravinger på Bryggen på 1950- og 60-tallet. Museet er bygget over restene av den første bebyggelsen på Bryggen og viser utviklingen i bebyggelsestrukturen her fra de eldste bygningene vi kjenner fra 1100-tallet og frem til 1702. Hovedansvaret til Bryggens Museum er å formidle middelalderarkeologi fra Bergen og Vestlandet. Utstillingene på Bryggen gir innblikk i handel, skipsfart, håndverk og hverdagsliv i middelalderen, mens en formidling av Håkonshallen og Rosenkrantztårnet i større grad forteller maktens historie. 

Fra de arkeologiske utgravingene etter brannen i 1955. Utgravingene dannet utganingspunktet for Bryggens Museum som åpnet dørene i 1976. Foto: UMB, DKS, Middelaldersamlingen.

På Bryggens Museum er flere sentrale middelalderarkeologiske miljøer og stor kompetanse samlet; Riksantikvaren, Middelaldersamlingen ved Universitetsmuseet i Bergen, masterstudenter og stipendiater i arkeologi ved Universitetet i Bergen og Norsk institutt for kulturminneforskning (NIKU).