Siden 2000 har NIKUs distriktskontor Bergen bistått i miljøovervåkingsarbeidet på verdensarvstedet Bryggen, med hovedfokus på kartlegging av tilstanden til de arkeologiske kulturlagene og levningene som bærer dagens bygninger. Mesteparten av arbeidet har bestått av undersøkelser i forbindelse med miljøbrønnanleggelser; en miljøbrønn er et plastrør hvor det kan settes inn et filter for å slippe inn vann på ønsket dybde, og det er en metode som gjør det mulig å komme ned i 10-meter-dype kulturlag uten å foreta en svær utgravning. Vurdering av bevaringstilstanden til de enkelte kulturlagene er én av arkeologens viktigste oppgaver, og det tas ut prøver til geokjemisk analyse fra utvalgte lag fra boreprøvene, samt eventuelle gjenstander eller prøver til radiologisk datering.

NIKU har også medvirket i utgraving av flere små prøvehull i forbindelse med undersøkelser rettet mot den umettete sonen (kulturlag liggende over grunnvannsspeilet). Utover kulturhistoriske tolkninger, har en av de høyest prioriterte oppgaver vært tilstandsvurdering